Percy Jackson er søn af Havguden Poseidon, der er i stor fare på grund af jalousi og frygten for hans enorme kræfter.

Spillerne i Percy Jackson & The Olympians: The Lightning Thief kommer på et eventyr på tværs af Amerika i forsøget på at finde Zeus’ lyn. De prøver at samle det bedste hold, der kan kæmpe mod de ubarmhjertige fjender.

Gå sammen med Percy og hans venner Annabeth og Grover og de mange andre allierede, der hver har sin egen ”guddommelige” egenskab og kampstyrker.
Nøglen til overlevelse er at vælge det rigtige medlem af gruppen til den givne situation. Spillets har masser af muligheder med de mange forskellige egenskaber, der kan arbejde sammen eller gøre de forskellige karakterer mere effektive.