Ezio, søn af adelsmænd fra Florentine, er på hævntogt for at rense familiens navn, der er blevet plettet af nogle af Italiens mest magtfulde og korrupte familier. Efter at have fundet et stykke af et ældgammelt kodeks bliver hans ønske opfyldt, og han begiver sig ud på en episk rejse for at genopbygge snigmordernes orden.

I løbet af de efterfølgende år vil han få både nye venner og fjender blandt nogle af de mest berømte personer fra renæssancens Italien og finde ud af, at Tempelordenen ikke blev ødelagt, som historikerne ellers har fortalt os. Dens planer om verdensherredømmet lever videre. Han må lære at mestre alle snigmordernes færdigheder for at forhindre tempelherrerne i at slukke videns lys.

Hvis han fejler vil hele verden blive sendt tilbage til mørkets tidsalder. Han vil også indse, at hans fund af kodekset ikke var tilfældig men en del af en langt større plan - en der trækker spor hele vejen til den moderne tid.